《我的奇妙男友2》延续了第一季的奇幻爱情故事，讲述了医生程美慧与拥有超能力的外星人薛洋之间的甜蜜又惊险的爱情冒险。在第二季中，两人的情感更加深厚，但新的挑战也随之而来。
随着薛洋的身份逐渐被更多人知晓，他和程美慧面临着来自外界更大的压力与危险。一方面，地球政府对他的存在产生了怀疑并开始秘密调查；另一方面，一个神秘组织盯上了薛洋的超能力，企图将其用于邪恶目的。面对这些威胁，程美慧始终坚定地站在薛洋身边，用她的智慧与勇气帮助他解决问题。
与此同时，两人之间也经历了一些小摩擦。由于薛洋需要隐藏自己的真实身份，这让他感到压抑，而程美慧则希望他能勇敢面对现实。最终，在一次危机中，薛洋决定向所有人坦白自己的身份，并利用自己的能力保护地球。这一举动不仅赢得了人们的理解和支持，也让两人的关系达到了新的高度。
在第二季的高潮部分，薛洋成功阻止了一场可能毁灭城市的灾难，证明了自己的善良与正义之心。而程美慧也在过程中展现了非凡的成长，成为了薛洋最坚实的后盾。最终，这对跨越星际的情侣携手走向未来，共同守护他们珍视的一切。